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L’église Saint-Germain est un édifice sobre et modeste, en forme de croix latine. Elle se compose d’une petite nef unique rectangulaire, suivie d’une travée sous un court clocher carré flanquée de chapelles formant transept, et d’une abside à l’est. L’église est entièrement romane, à l’exception des chapelles latérales. Elle est typique des petits édifices romans ruraux de la région.
[[Fichier:ChardonnayEgliseRomanePlanGuerreau.jpg|thumb|centerleft|450px|Eglise de Chardonnay, plan de la construction romane, par Alain Guerreau (©)]]
La façade de l’église est marquée par un avant-corps légèrement saillant dont le fronton repose sur des modillons nus. Un portail en plein cintre, sans décor et au tympan de pierre nu, ouvre cet avant-corps et permet de pénétrer à l’intérieur de l’édifice. Une étroite baie en plein cintre ouvre la façade en hauteur. Une petite croix coiffe la pointe du pignon. Les gouttereaux de la nef sont flanqués de contreforts très plats, trois au sud et deux au nord. Le gouttereau sud est ouvert de larges baies plein cintre moderne, tandis qu’au nord l’édifice a conservé ses petites baies romanes ébrasées. Le transept est formé par la travée sous clocher, épaisse, et par deux chapelles sous des toitures à deux pans. Au nord, la chapelle gothique est ouverte de deux larges baies dans le mur est, et accolée à l’habitation voisine. Au sud, la chapelle est percée par une large baie en plein cintre dont l’arc retombe latéralement sur des colonnettes aux chapiteaux sculptés de feuillages. La chapelle est épaulée aux angles par deux larges contreforts. Une petite porte est percée dans le mur ouest, avec un arc en plein cintre mouluré. Elle permet d’accéder à cette chapelle sud.