En 1985, alors qu’elle est menacée de destruction, Alain Guerreau milite pour lancer des recherches archéologiques, suspectant qu’un lieu de culte très ancien se trouve sous l’édifice décrépit. Des fouilles sont ainsi menées par Christian Sapin de 1985 à 1993, et mettent au jour le riche passé de l’église et ses vestiges enfouis. En 1993, l’église est inscrite au titre des Monuments Historiques, et donc sauvée de la destruction pour devenir un musée archéologique. Il s’agit du premier édifice de Bourgogne à avoir été entièrement fouillé et à être accessible aux visiteurs.
=== Description architecturale <ref>Description en majorité établie grâce au document pédagogique de la commune.</ref> ===
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GLOSSAIRE : [http://www.bourgogneromane.com/glossaire.htm Bourgogne Romane]
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L’église actuelle est donc un édifice composite, enrichi et modifié par des siècles d’une riche histoire. Le site archéologique a permis de mettre en valeur cet héritage, par le déblaiement des différents vestiges et fondations, tout cela accompagné d’une signalétique pédagogique et touristique.
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GLOSSAIRE : [http[Fichier://www.bourgogneromaneSaintClémentMâconPlans.com/glossairejpg | thumb|400px |Reconstitution des vestiges, brochure fournie par la commune et son pôle tourisme.htm Bourgogne Romane]]
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