Le hameau de Bézornay est mentionné pour la première fois en 909, dans une charte de l’abbaye de Cluny<ref>Cluny, I, 104</ref> : ''In pago Matisconense, in agro Maciacense, in villa Besorniago''<ref>Rigault, Jean, ''Dictionnaire topographique du département de la Saône-et-Loire'', 2008.</ref>. Juchées sur une crête, les terres de Bézornay dépendent alors de l’abbaye de Cluny. Au début du Xe siècle, il s’agit visiblement d’une propriété restreinte et peu étendue. Cependant, les possessions clunisiennes parmi le territoire environnant s’accumulent rapidement à partir de 980. Jusqu’à 1010, on voit en effet une succession de chartes rendant compte de l’achat de biens et de terres par l’abbaye<ref>Les moines de Cluny acquièrent plus de 50 titres sur la terre de Bézornay – « Doyennés et granges de l'abbaye de Cluny. Exploitations domaniales et résidences seigneuriales monastiques en Clunisois du XIe au XIVe siècles. »</ref>, qui se constitue ainsi un vaste domaine, autour du chef-lieu de Bézornay. En 984, une chapelle dédiée à Saint-Pierre est mentionnée, construite l’année précédente : ''Besorniaco villa… capella sancti Petri''<ref>Rigault, Cluny, I, 1677.</ref>.

La transformation du domaine de Bézornay en doyenné clunisien est un processus lent. Il est vraisemblable que l’ensemble obtient le statut de doyenné au milieu du XIe siècle. A cette époque, le domaine est déjà entouré d’un mur d’enceinte, bien que restreint et ne constituant pas une véritable fortification<ref>« Doyennés et granges de l'abbaye de Cluny. Exploitations domaniales et résidences seigneuriales monastiques en Clunisois du XIe au XIVe siècles. »</ref>. La position du doyenné, en hauteur des terres environnantes (vallée de la Gande), permet aux moines de surveiller et contrôler les terres acquises successivement, et d’étendre le rayonnement de l’abbaye. Outre ce rôle de contrôle et de défense du territoire, le doyenné sert également à ravitailler l’abbaye en denrées : il est chargé de l’approvisionner pendant trois semaines en août, et a un rendement céréalier et forestier important<ref>Ibidem</ref>. Le doyenné n’a visiblement pas une fonction résidentielle importante, contrairement à celui de [[Mazille]], ce qui laisse supposer une répartition des fonctions entre les différents doyennés clunisiens. A cette époque (XIe siècle), la chapelle est également reconstruite et passe sous le vocable de Sainte-Agathe.

Le doyenné est aujourd’hui divisé entre trois propriétés privées : la chapelle, la tour et divers autres bâtiments. Dans les années 2010s2010, la tour et la chapelle ont fait l’objet d’une rénovation et d’une réhabilitation complète, menées par l’architecte Ludovic Forest<ref>[https://forestarchitecte.fr/ Site officiel de l’architecte]</ref>. Ce-dernier s’installe d’abord dans la tour-porte du domaine, la rénove ainsi que le logis attenant, qu’il complète d’un bâtiment moderne. Peu de temps après, une famille en visite chez l’architecte décide de s’installer dans une des propriétés voisines, à savoir la chapelle romane et ses dépendances, inhabitées depuis les années 1980. Le site de la chapelle étant inscrit au titres des Monuments Historiques depuis 1948, l’architecte et les nouveaux propriétaires<ref>La famille de Rochegonde, anciennement expatriée en Afrique du Sud, est sensible au respect du patrimoine, de l’histoire et de l’environnement naturel du doyenné. </ref> doivent traiter avec les organismes de protection du patrimoine, à savoir la Direction Régionale des Affaires Culturelles (DRAC Bourgogne) et les Services Départementaux de l’Architecture et du Patrimoine (SDAP).