Le nom de la localité est attesté sous la forme "''Carnacus''" en 739. Il s'agit d'un toponyme gaulois ou gallo-romain, basé sur le terme gaulois "carnus" ou "karn", qui signifie « tas de pierre sur un tumulus ». Le second élément est le suffixe -acum, lui aussi d'origine gauloise et marquant un emplacement ou une propriété.

Le suffixe lès-Mâcon fut ajouté pour affirmer la proximité avec la ville de Mâcon et éviter la confusion avec d'autres communes portant le même nom.

===Vestiges néolithiques :===

* une sépulture, à Levigny, attribuée au premier âge du fer, contenant une agrafe, dégagée vers 1900.