Au début du XIXe siècle, la taille de l’église devient insuffisante pour la population de plus en plus nombreuse. La possibilité d’un agrandissement est alors discutée au sein de la commune. En 1829, les reliques de Saint-Etienne sont exhumées. Elles étaient jusqu’alors gardées dans une boîte en plomb dans le grand autel. En 1860, le cimetière qui bordait l’édifice est déplacé plus au nord-est, en dehors du bourg, afin de pouvoir réaliser les travaux d’agrandissement qui sont envisagés. En 1865, l’architecte Berthier, de Mâcon, propose un projet de construction qui prévoit de conserver les parties romanes jugées assez solides, tout en reconstruisant la nef avec des bas-côtés et des chapelles absidiales. Il dresse par la même occasion les plans de l’église romane d’origine. On y distingue une structure assez simple et commune.

En 1867, le projet de l’architecte est adopté et finalement lancé. Les travaux sont financés grâce aux souscriptions, aux prêts privés et à une subvention attribuée par décision ministérielle. Le coût est chiffré en 1868 à près de 60 000 francs. L’entrepreneur choisi est Antoine Robin, de Saint-Laurent-en-Brionnais. Les travaux s’étendent jusqu’en 1869. Cette année-là, le comte Murard, qui est par ailleurs le principal mécène de la reconstruction, fait monter des vitraux dans le chœur et les chapelles latérales. Ils étaient à l’origine destinés à l’église Saint-Pierre de Mâcon, et avaient été réalisés par les ateliers Didron. Ils représentent des épisodes de la vie de la sainte Vierge et de saint Pierre, et sont toujours en place aujourd’hui.