Mâcon est citée par Jules César dès le Ier siècle av. J.C., sous le nom de ''Matisco/Matiscone''<ref>Sur l’histoire de la ville de Mâcon en elle-même, se rapporter à la bibliographie en fin d’article.</ref>. Elle se développe rapidement et est fortifiée au IVe siècle. Mâcon devient cité épiscopale en 534, lorsque le royaume Burgonde est annexé par les Francs et partagée partagé entre les successeurs de Clovis<ref>GUERREAU, Alain, ''Notice sur l’ancienne cathédrale Saint-Vincent'', 2014.</ref>. Un premier évêque, Placide, est désigné en 538. Devenue cité épiscopale, Mâcon a donc besoin d’un lieu de sépulture pour ses évêques, alors que tout un « groupe cathédral » est vraisemblablement construit à cette époque.

Le village de Saint-Clément-lès-Mâcon tient quant à lui probablement son origine de l’abbaye d’Augustines installée là, et réunie à la manse épiscopale de Mâcon au VIe siècle par le roi Gontran 1er. Leur chapelle est alors le centre d’un bourg croissant. La basilique funéraire est élevée en parallèle de la cathédraleprimitive de Mâcon, sur les ruines d’une villa antique<ref> Brochure fournie par la commune et son pôle tourisme. </ref>de Saint-Clément qui devait avoir son propre sanctuaire. Les évêques de Mâcon y sont dès lors enterrés, et de nombreuses sépultures mérovingiennes ont ainsi été retrouvées sous les fondations de l’église actuelle.

On retrouve le village en tant que paroisse<ref>''Dictionnaire topographique de Saône-et-Loire'', p.645, « Saint-Clément, quartier, com. de Mâcon ».</ref> dans une charte du chapitre de Saint-Vincent de Mâcon en 915, sous l’appellation ''parrochia Sancti-Clementis''. L’église, qui appartient alors au chapitre, ne va pas échapper à la restructuration carolingienne générale, et elle retrouve ainsi dès le IXe siècle un état dépouillé et modeste. Les tombes mérovingiennes sont rouvertes, peut-être par convoitise des reliques et trésors qu’elles contenaient.

Dès lors, l’église Saint-Clément va subir de nombreux remaniements au cours des siècles qui suivent, en parallèle du contexte historique régional. Aux XIe et XIIe siècles, l’église prend un caractère monumental qu’elle n’avait pas avant, pleinement inscrit dans les mouvements artistiques de l’époque. En parallèle de son jeune statut de paroisse, la vocation liturgique de l’église prend graduellement le pas sur sa fonction originale de nécropole. Le village grandit peu à peu autour du noyau que constitue dès lors l’édifice, qui est géré par l’évêque et fait partie entière du « groupe cathédral ».

Au XIXe siècle, l’édifice subit les transformations les plus importantes de son existence. En 1855, l’église est inversée : l’accès à l’édifice se fait désormais par l’ancien chœur. Ce projet est porté par l’architecte Berthier, et rendu nécessaire par la construction de la voie ferrée reliant Mâcon et Lyon, dont le tracé passe juste devant l’ancienne façade de l’église<ref>Oursel, Anne-Marie et Raymond, Notice d’inventaire, archives départementales de le Saône-et-Loire.</ref>. Il n’y a dès lors plus aucune inhumation, et donc plus de basilique funéraire à proprement parler. En 1856, l’ancienne commune Saint-Clément-lès-Mâcon est rattachée à celle de Mâcon, et devient un quartier sud de cette ville<ref>Dictionnaire topographique de Saône-et-Loire, p.645, « Saint-Clément, quartier, com. de Mâcon ».</ref>. L’église , agrandie et restaurée , est consacrée en 1860.