* mention au Xe siècle : la ''villa Chissiaco", dans une charte de Cluny<ref> tome 1, n° 271</ref>

* Le finage de Lys était autrefois une seigneurie dont la maison forte fut possédée par le chancelier Nicolas Rolin.

* En 1477, le village ressort dans la châtellenie de Cluny, dans le bailliage de Mâcon, lequel ressort du Parlement de Paris.<ref> Dictionnaire topographique de Saône-et-Loire, par Jean Girault, 2008</ref>

* rendez-vous de chasse des rois de France

La nef et le clocher font l'objet d'un [http://www.culture.gouv.fr/public/mistral/merimee_fr?ACTION=CHERCHER&FIELD_1=REF&VALUE_1=PA00113214/ classement au titre des monuments historiques] depuis le 7 février 1935, tandis que le reste de l'église ne fait que l'objet d'une inscription, et ce depuis le 28 février 1927.

* [http://sauvegardeartfrancais.fr/photos_realisations/Chissay-les-Macon-C5.pdf/ Chapelle Notre-Dame de Lys] - [http://www.culture.gouv.fr/public/mistral/merimee_fr?ACTION=CHERCHER&FIELD_1=REF&VALUE_1=PA00113215/ inscrite à l'inventaire des monuments historiques] ;

* Croix de chemin.