Modifications

Les Guerres de Religion du XVIe siècle amènent de nouveaux troubles à Leynes. En 1563, le cardinal de Guise, abbé de Tounus, refuse de payer sa participation aux levées de fonds demandées par le roi Charles XI pour affronter les Calvinistes. Les biens de l’abbaye à Leynes sont donc confisqués et vendus en justice. Le château restera à l’état de ruine pendant plus d’un siècle.

L’église est également sévèrement touchée par ces troubles. Au XVIIe siècle, l’abbé Braissoud entreprend de restaurer et d'agrandir l’église. De 1670 à 1672, celle-ci est allongée de 7 mètres vers l’est. Deux chapelles sont également accolées aux croisillons de la travée romane. Les travaux sont réalisés avec les pierres du château, ramenées les dimanches après l’office par les habitants, accueillis par le curé qui, dit-on, leur payait à boire<ref>Document de présentation de l’édifice disponible sur place.</ref>.

En 1708, l’abbaye de Tournus récupère le château, en bien mauvais état. Les travaux les plus urgents sont réalisés par la suite. A la Révolution française, les Marseillais en chemin vers Paris brûlent les ornements de l’église sur la place publique, brisent des vases sacrés et renversent la Croix des Batailles<ref>Carte postale ancienne.</ref>. L’église est ensuite vendue comme bien national, tout comme la terre et la seigneurie.

Au XIXe siècle, l’église (récupérée par la commune) est vraisemblablement rénovée plusieurs fois. Cependant, seule la restauration de 1883-1884 est documentée. A cette occasion, les murs sont notamment rehaussés, les dallages repris et la nef déplafonnée. Cette dernière est munie de voûtes en arêtes et d’une tribune.