Le village de Charbonnières tient vraisemblablement son nom de l’exploitation des forêts locales pour la production de charbon de bois, encore visible grâce aux vestiges de meules. Des traces de peuplement et d’activité remontant à l’époque gallo-romaine ont été retrouvées sur le territoire de la commune, tout comme de nombreux outils de tailleurs de pierre, le long de la Mouge <ref>Fiche Wikipédia </ref> qui traverse le village. La première mention du village est faite au Xe siècle, dans une charte du chapitre de Saint-Vincent de Mâcon : ''In Carbonarias''. A l’origine, le hameau des Renauds est le centre de peuplement. Le toponyme se fixe sur Charbonnières au XVe siècle. Vers 1830/1850, le bourg est déplacé et installé à son emplacement actuel, grâce à la construction d’une nouvelle église, d’une mairie et d’une école.  L’ancienne chapelle Saint-Bonnet est précisément située au milieu du hameau Les Renauds, et constitue le centre administratif historique. Il s’agit de l’ancienne église paroissiale, qui était à la collation du chapitre cathédral de Mâcon. La chapelle est mentionnée pour la première fois au Xe siècle, en tant que ''Capella in honore Sancti-Boniti ''<ref>Rigault, Jean, Dictionnaire topographique du département de la Saône-et-Loire, 2008.</ref>. L’édifice actuel pourrait bien être celui cité à ce moment-là, bien qu’il ait vraisemblablement été remanié au XIIe siècle <ref>Guerreau, Alain, Notes d’observations. </ref>. Au XIVe siècle, la ''Curatus Sancti-Boniti '' est citée dans un pouillé (registre ecclésiastique), ainsi que l’Ecclesia l’''Ecclesia de Charboneriis''. Vers 1450, une ferme fortifiée est bâtie à côté de l’église. Il s’agit probablement d’une grange clunisienne. Elle sert dès lors d’exploitation agricole et viticole.   Ce qu’il advient de l’église Saint-Bonnet au cours des siècles suivants est assez incertain. Lors de la Révolution française, elle est saccagée et en partie brûlée par des révolutionnaires venus d’Igé. Ces derniers tentent également de brûler la ferme fortifiée, mais les villageois les en empêchent. Vers 1830, la commune juge la chapelle sans intérêt <ref>Site internet sur la commune : [http://charbonnieres71.free.fr/historique.htm]</ref>, trop petite et vraisemblablement trop vétuste pour accueillir la population de fidèles. Vers 1850, elle est donc vendue à un particulier. Une nouvelle église plus vaste est construite au bourg, dans un style néo-roman. Après avoir servi de grange pendant un temps, la chapelle a récemment été rachetée et entièrement rénovée. Il s’agit aujourd’hui aujourd'hui d’une habitation privée qui ne se visite pas.