Le village de [[Bergesserin]] est mentionné pour la première fois vers 996 dans le cartulaire de Cluny : ''In comitatu…Matisconensi… Bargeserenam villam''<ref>Rigault, Jean, ''Dictionnaire topographique du département de la Saône-et-Loire'', 2008.</ref>. Une ''villa'' romaine devait à l’origine se trouver sur le correspondre au territoire de la commune actuelle, comme le suggèrent les monnaies romaines retrouvées au village. La commune est en partie couverte d’une forêt domaniale, en majorité composée de feuillus. Pendant la Seconde Guerre Mondiale, un maquis se constitue dans ces forêts<ref>Elles ont depuis été partiellement aménagées en circuit d’acrobranche, dès 2002, l’''Acro'Bath''.</ref>, dites de la Châtelaine. Les résistants prennent part à la bataille de Cluny. Un ancien sanatorium se trouve également sur la commune. Construit dans les années 1930 pour accueillir les tuberculeux, puis des patients dépendant de l’hôpital de Mâcon, il est désaffecté depuis 2008 et vient d’être reconverti en site d’airsoft gun.

L’église du village n’est mentionnée pour la première fois que dans un pouillé du XVe siècle : ''Ecclesia de Berga Serena''<ref>Rigault</ref>. C’est un édifice roman dont l’origine remonte vraisemblablement à la fin du Xe siècle ou au début du XIe. L’église est alors à la collation de l’abbé de Cluny et le centre de la paroisse de Bergesserin. Elle est dédiée à saint Loup, évêque de Troyes<ref>« D'abord moine à Lérins, puis évêque de Troyes pendant près de cinquante ans, il accompagna saint Germain d'Auxerre en Angleterre pour combattre l'hérésie du pélagianisme. Retenu quelque temps comme otage par Attila, il exerça sur lui une heureuse influence, ce qui fit que la Champagne fut épargnée par l'envahisseur. » [http://nominis.fr Nominis]</ref>, mort en 478. Certaines parties de l’édifice actuel - composé d’une nef unique, d’un transept formé par deux larges chapelles, d’une travée sous clocher carré et d’une abside - semblent appartenir à cette construction primitive : les murs de la nef, les montants des deux grands arcs, ainsi que l’abside et ses baies, à l’exception de la voûte. Dans la seconde moitié du XIIe siècle, l’église connaît visiblement une reprise assez importante. Les murs sud et nord de la travée sous clocher, les arcs de la voûte et le clocher lui-même semblent dater de cette époque.

Ce qu’il advient de l’église dans les siècles qui suivent est incertain. En 1675, une visite pastorale mentionne une nef sans vitres, et la présence de deux cloches<ref>Oursel, Anne-Marie et Raymond, Fiche d’inventaire départemental. Raymond Oursel cite Mgr Rameau.</ref>. Au XIXe siècle, l’église Saint-Loup est régulièrement entretenue et fait l’objet de travaux à plusieurs reprises. En 1837, un devis dressé par Joseph Bonnetain établi les travaux à réaliser : toiture à réparer, portail à refaire, sacristie à restaurer (plancher, toiture, croisée au sud), crépis à reprendre<ref>Oursel</ref>. En 1849, un projet d’agrandissement de l’église est avancé. Il pourrait concerner les chapelles formant transept, qui n’apparaissent pas sur le plan cadastral de 1841, ou encore l’étage supérieur du clocher (semblable à un étage de guet, en nette rupture avec les étages romans inférieurs).

En 1880, l’architecte Sire, de Saint-Gengoux-le-National, dresse les plans de l'édifice et la liste de travaux à réaliser : « percement de fenêtres, d’une porte d’entrée, construction d’une voûte en briques composée d’arcs doubleaux moulurés. Les retombées des arcs portent sur des culs-de-lampe en pierre du Midi moulurés et sculptés, pour la porte d’entrée, la pierre de Lys ou de Colombier sera employée »<ref>Projet cité par Oursel.</ref>. En 1885, la commune effectue une demande de recours auprès de l’Etat afin de financer les travaux. La réponse officielle prévoit la modification des plans de Sire (la voûte devrait être remplacée par un plafond). Finalement, une souscription lancée par le Père Carré auprès de la population récolte 5000 francs, l’aide de l’état n’est plus nécessaire. En 1890, Joseph Premier, entrepreneur à Buxy, est choisi pour faire les travaux, dont le montant s’élève au final à 5629.15 francs.

Dans les années 1950 et 1960, des travaux sont engagés sur l’édifice, notamment au niveau du clocher, endommagé par la foudre. Dans les années 1970, un coq et une croix en fer forgé sont installés au sommet de la pyramide du clocher. De 1987 à 1991, une restauration intérieure et extérieure de l’édifice est engagéemenée. L’église est depuis régulièrement entretenue. En 2012, une équipe d’étudiants japonais du ''Kyoto Institute of Technology'' ont a entièrement mesuré l’édifice et dressé ses plans.