Le village de Bussières a une histoire très riche, dont les vestiges sont omniprésents sur le territoire de la commune. Une implantation humaine est attestée dès le néolithique, avec notamment le site de la Roche-Brégnat consacré à la production de haches. Le lieu-dit du Monsard<ref>Classé site Natura 2000.</ref> est un camp retranché de l’époque gallo-romaine où a été retrouvée de la monnaie romaine, entre autres vestiges archéologiques. L’enceinte de pierre serait, elle, protohistorique. La première mention du village n’est cependant faite que vers 928, dans la charte 234 du chapitre de Saint-Vincent de Mâcon : ''In pago Matisconense, in agro Laliacense, in villa Busserias''<ref>Rigault, Jean, ''Dictionnaire topographique du département de Saône-et-Loire'', 2008.</ref>. Le village est composé du Petit et du Grand Bussières. L’activité de la commune est variée : production viticole, agriculture, entreprises…

Au XVIe siècle, les Guerres de Religion sont particulièrement virulentes à Bussières et éprouvent durement le village et sa population. De nombreux foyers adoptent la foi protestante et prennent part aux luttes et destructions d’églises et monastères<ref>Oursel</ref> de la région. L’église Saint-Paul est visiblement elle-même en partie détruite et pillée (comme de nombreuses autres églises de la région), puisque des travaux assez importants sont engagés vers 1570. Le clocher est notamment remanié à cette époque, au niveau du beffroi.

En 1612 et en 1675, deux visites pastorales sont conduites, respectivement par l’évêque Dinet et l’archiprêtre du Rousset Bouteloup<ref>Ibidem</ref>. Ce-dernier rapporte qu’en 1675, la moitié des foyers de Bussières sont protestantsest protestante, et que le village ne compte que 80 communiants catholiques. La fin du XVIIe siècle est donc axée, pour les autorités catholiques, sur la répression des protestants et sur les conversions plus ou moins volontaires au catholicisme. En 1693, les biens des Huguenots (protestants) ayant fui le village sont confisqués au profit de l’hôpital de Mâcon. Un brevet du roi adjuge sur ces fonds 50 livres par an pour les réparations et l’entretien de l’église<ref>Ibidem</ref>.

Au XVIIIe siècle, l’église Saint-Paul connaît plusieurs vagues de travaux, plus ou moins importants. Ceux-ci voient les baies de l’édifice élargie élargies (elles prennent leur aspect actuel), l’église rénovée et décorée, et du mobilier installé. Les premiers travaux ont lieux en 1732, comme en atteste la gravure présente dans l’abside. En 1736, la litre funéraire aux armes des Michon de Pierreclos est peinte. La même année, l’église est de nouveau visitée par Jean Jeambon, curé de Mazille. A la fin du siècle, l’église est une nouvelle fois restaurée, puisque très délabrée (et ce peut-être en conséquence des événements révolutionnaires). La nef est plafonnée, et l’oculus le plus bas de la façade est donc percé (celui du haut se retrouve à éclairer les combles).

Tous ces travaux sont notamment rendus possibles grâce aux libéralités faites par la famille de Lamartine, à laquelle est concédé un banc en gage de reconnaissance. Les parents du poète, installés au village voisin de Milly, fréquentent régulièrement [[Bussières]]. Ils envoient leur fils Alphonse y faire son catéchisme, et y apprendre le français et le latin au presbytère auprès de son précepteur, l’Abbé Dumont. Ce-dernier devient un ami proche du poète, et est l’inspiration derrière son roman ''Jocelyn''. A sa mort en 1832, Alphonse de Lamartine fait ériger une stèle en son honneur, visible près de la porte de la sacristie.

Au XIXe siècle, l’église connaît un moment de flottement, des différends opposant la fabrique et la municipalité au sujet du financement de l’entretien de l’édifice. Quelques rénovations ont cependant lieu, notamment au niveau des portails, remaniés à cette époque. En 1835, une rénovation globale de l’édifice est engagée, et c’est probablement à ce moment-là que sont réalisées les niches des autels latéraux, dites « troubadour ». Ces niches ressemblent fortement au décor de l’église de l’[[Eglise Saint-Donat à Saint-Point]], dont les rénovations ont en partie été financées par Lamartine, qui y avait son habitait le châteaujuste à côté. Il se pourrait donc que les niches de Bussières soient un autre cadeau du poète<ref>Georges Clerc.</ref>. Les abords de l’église sont assainis à cette époque, le cimetière étant déplacé en dehors du bourg.

Le XXe siècle voit émerger une prise de conscience patrimoniale au sein de la population de Bussières. En 1932, alors que l’édifice est dans un état précaire, l’[https://academiedemacon.fr/ Académie de Mâcon] ouvre une souscription pour le protéger et le rénover. Des travaux importants sont envisagés, sous la direction de l’architecte Pinchard. Ils concernent notamment la toiture, le plancher du clocher, la reconstruction de la sacristie et une restauration globale de l’église. En 1933, grâce à l’impulsion de l’Académie, l’église est classée Monument Historique. Cette protection influe dès lors sur les travaux projetés : ils doivent être supervisés à la fois par l’architecte Pinchard, mais également par l’Inspecteur des Monuments Historiques, Paul Gélis<ref>Les plans de l’église réalisés par ces professionnels sont conservés aux archives départementales de la Saône-et-Loire.</ref>. Les travaux sont menés par l’entrepreneur Sainty, et son financés par la souscription publique (24 000 francs) et par une subvention de l’Etat (10 000 francs) adjugées adjugée grâce au classement de l’édifice. A l’occasion de la restauration intérieure, la litre funéraire datant de 1736 est redécouverte, alors qu’elle avait été masquée par de l’enduit au siècle précédent.

A la fin du XXe siècle, l’église est régulièrement entretenue, notamment grâce à la création en 1968 d’une association de sauvegarde et de mise en valeur patrimoniale, les '''Amis de Bussières'''. Des travaux d’entretien sont ainsi réalisés dans les années 1970, puis une grande vague de rénovations est engagée de 1989 à 1993<ref>Brochure éditée par l’association en guise de remerciement aux donateurs de leur souscription. Elle comporte notamment les plans et les remarques de l’architecte Georges Clerc, tirés de sa thèse sur l’édifice.</ref>. La 1ère phase prévoit la rénovation extérieure de l’édifice : toitures en laves, charpente, entourages en pierre des portes, portes et vitraux. Elle est financée par la commune, les Bâtiments de France et le conseil Général. La 2ème phase prévoit une rénovation intérieure globale : suppression du plafond en plâtre pour laisser la charpente apparente, installation électrique, travaux dans le chœur, etc. Ces travaux sont financés par la commune, le diocèse, et les Amis de Bussières.

Toujours en 2012018, et dans le cadre d’une opération de mise en valeur touristique du village en partenariat avec les élèves de l’école de Bussières, des QR codes imprimés sur des plaques ont été installés près des monuments incontournables de la commune. L’église a ainsi son propre code, qui permet d’accéder à des commentaires et explications des écoliers sur l’édifice <ref>Commentaires sur l’église Saint-Paul : https://www.youtube.com/watch?v=dZyQBuiS-6o&feature=youtu.be</ref>.