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Brancion est le noyau historique de la commune moderne et concentre la majorité de son riche patrimoine historique<ref>[http://martailly-les-brancion.blogspot.com/p/martailly-un-peu-dhistoire.html Patrimoine de Martailly-lès-Brancion] </ref>. C’est une zone de peuplement très ancienne. Ainsi, des tessons de poterie de la fin de l'âge du bronze (-1000 à -700) ou de l'âge du fer (-700 à -500) ont notamment été mis au jour au cours des fouilles archéologiques<ref>Voir le plan archéologique de Brancion : [https://www.chateau-de-brancion.fr/fr/explorer-brancion/chateau/ Château de Brancion site archéologique] </ref> menées par l'INRAP entre 2002 et 2007. De nombreux vestiges gallo-romains ont aussi été découverts sur le territoire de la commune : ''villae'', monnaies, restes de constructions diverses… Ils attestent de la présence probable d’un oppidum gallo-romain. Des sépultures anciennes ont également été repérées à l’entrée ouest du bourg, sur une pente vers l’est, et pourraient dater de l’époque mérovingienne. Brancion n’est cependant mentionné pour la première fois qu’en 926, dans une charte de l’abbaye de Cluny : ''In pago Cabilonense, in fine Brancedunense''<ref>Rigault</ref>. A cette époque, un bourg fortifié est construit autour d’un premier château, mentionné en 944 dans le cartulaire de Cluny. Cette place forte se développe peu à peu entre les Xe et XIIe siècles, à mesure que les seigneurs de Brancion étendent leur pouvoir sur les terres environnantes. Ces derniers apparaissent d’ailleurs dans de nombreux actes et documents officiels : ''Roclenus'' (XIe), ''Seguinus'' (XIIe), ''Humbertus'' (XIIe), ''Symon'' (XIIIe). Au XIVe siècle, ''Brancidunum seu Brancium'' est mentionné dans un pouillé. A cette époque, le château est assez largement remanié, avec notamment le creusement d’un grand fossé autour de son enceinte, qui le sépare du village qui s’étoffe<ref>Site de Brancion. </ref>. Le château devient ensuite une place-forte des ducs de Bourgogne, puis une châtellenie royale après 1477, qui compte 18 villages dans son périmètre. En 1790, Brancion est une commune du canton de Tournus. Le chef-lieu communal est ensuite transféré à Martailly-lès-Brancion en 1893. Pendant la Seconde Guerre Mondiale, Brancion abrite un important maquis de résistants. Un monument commémoratif a été installé en leur mémoire au col de Brancion. Aujourd’hui, le village fortifié de Brancion domine encore le Mâconnais, et impressionne par son château seigneurial remarquablement conservé ainsi que son vieux village (halles, maisons rurales typiques du Haut-Mâconnais…).